آیت الله خامنه ‌ای رهبر ایران امروز اعدام شیخ باقر نمر از معترضان ضد حکومت آل سعود در عربستان را به شدت نگوهش کرده است. آقای خامنه ای با جنایت خواندن اعدام شیخ نمر گفته است که این کار خطای سیاسی دولت آل سعود است و پیامد این اعدام های اخیر برای عربستان رنج آور خواهد بود.

در همین حال، مسوول سیاست خارجی اتحادیه اروپا ضمن انتقاد از اعدام شیخ باقر نمر در عربستان، درباره تنش‌های فرقه ‌ای به شدت ابراز نگرانی کرده و گفته است که اعدام شیخ نمرممکن است باعث شعله ور شدن تنش ‌ها در منطقه شود.

از سویی هم بان کی مون، دبیر کل سازمان ملل متحد نیز ضمن انتقاد از اعدام شیخ نمر و سایر زندانیان توسط حکومت آل سعود گفته است که پرسش های جدی در مورد عادلانه بودن دادگاه اعدام شدگان وجود دارد.